Niegdyś zaliczano go do rodziny łasicowatych.
Obecnie fetornika sundajskiego nie zalicza się już do rodzaju Mephitis, czyli skunks. Nie zalicza się go nawet do podrodziny Mephitinae, ale do podrodziny Mydainae. Podrodzina ta zawiera jeden obecnie występujący rodzaj Mydaus, czyli fetornik, rodzaj ten obejmuje dwa gatunki, mianowicie fetornika sundajskiego i fetornika palawańskiego.
Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają trzy podgatunki. Podstawowe dane taksonomiczne podgatunków (oprócz nominatywnego) przedstawia poniższa tabelka:
Podgatunek Oryginalna nazwa Autor i rok opisu Miejsce typowe HolotypM. j. luciferMydaus luciferO. Thomas, 1902Ląd stały w pobliżu Labuan, Borneo.Samica (sygnatura BMNH:Mamm:1876.9.20.10) ze zbiorów Muzeum Historii Naturalnej w Londynie; okaz zebrał w 1876 roku brytyjski przyrodnik i administrator kolonialny Hugh Low.M. j. ollulaMydaus ollulaO. Thomas, 1902Sinubing i góra Ranai, Natuna Besar, Indonezja.Dorosła samica (sygnatura BMNH:Mamm:1895.11.8.10) ze zbiorów Muzeum Historii Naturalnej w Londynie; okaz typowy zebrał w lipcu 1894 roku brytyjski oficer Ernest Hose.