Okres pogromów (1096–1349) I wyprawa krzyżowa rozpoczęła się pogromami na niemieckich Żydach. Dla uczestników krucjat, podburzonych nawoływaniami do walki z niewiernymi, Żydzi byli najbliższymi i powszechnie widocznymi wyznawcami innej religii. Obarczano ich odpowiedzialnością zbiorową za śmierć Jezusa z Nazaretu. Część z rycerzy była ponadto zadłużona u Żydów po zakupie ekwipunku na krucjatę. W pogromach mordowane były całe wspólnoty, np. w Trewirze, Wormacji, Moguncji i Kolonii. Niekiedy widząc nadchodzący pogrom, Żydzi popełniali samobójstwa. Wspólnotę w Spirze ocaliło wstawiennictwo biskupa. Pomiędzy V a VII 1096 r. w nadreńskich miastach zabito w sumie ok. 12 tys. osób. Wybuch agresji antyżydowskiej podczas 1. krucjaty wpłynął na status Żydów w następnych stuleciach. Chrześcijanie zaczęli wysuwać wobec nich oskarżenia o rzekome zbrodnie, jak np. profanacja hostii, mord rytualny, zatruwanie studni, zdradę, a nawet o bycie przyczyną najazdu Mongołów. W ich wyniku setki Żydów spalono na stosie, a tysiące wyemigrowało. Podczas rozprzestrzeniania się w Europie epidemii dżumy w latach 1348–1349, Żydzi byli oskarżani o zatruwanie studni.