Pozytywnym akordem było przyzwolenie papieża Leona X na druk Talmudu we Włoszech.
Wiek XVI i XVII W XVI i XVII Żydzi byli nadal uzależnieni od książąt i wolnych miast. W 1520 r. Karol V wydał dekret potwierdzający przywileje dla Żydów, m.in. zakazujący wypędzenia ich z miejsca, które uprzednio zezwoliło na ich zamieszkanie, bez zgody cesarza. Dekret ten był ponawiany w latach 1530 i 1544, przy czym w ostatnim przypadku cesarz zadeklarował sprzeciw wobec oskarżeń o mord rytualny. Cesarze nie zawsze byli w stanie zapewnić Żydom realną ochronę. W 1519 r. wypędzono Żydów z Ratyzbony, w 1551 z księstwa Wirtembergii, w 1573 – z elektoratu Brandenburgii, zaś w 1590 – z księstwa Brunszwiku. Dekret cesarza Ferdynanda I z 1561 r., nakazujący Żydom opuszczenie Czech, został wstrzymany jedynie dzięki uzyskanej przez absolucji papieskiej.
W 1670 r. cesarz Leopold I wypędził Żydów z Wiednia oraz Arcyksięstwa Austriackiego. Uchodźców przyjęła Marchia Brandenburska, której elektor Fryderyk I tolerował wszystkie wyznania i chronił nowych mieszkańców.