prowadził zajęcia m.in. z historii literatury, języka arabskiego i języka perskiego, ale głównym przedmiotem jego zainteresowań nadal pozostawała filologia turecka.
Kwestia wyjazdu w czasie wojny do Turcji Związki z Turcją znalazły swój wyraz zarówno w badaniach naukowych (jako pierwszy w świecie stworzył dialektologię anatolijskoturecką), jak i w życiu Kowalskiego – w czasie II wojny światowej, po powrocie Kowalskiego z obozu, strona turecka zorganizowała mu możliwość bezpiecznego przeniesienia się z rodziną do Stambułu (dyplomacja turecka zaangażowała się też już wcześniej w pertraktacje z władzami niemieckimi w sprawie zwolnienia go z obozu), ogłoszono już nawet oficjalnie studentom Uniwersytetu Stambulskiego, jakie zajęcia w nowym semestrze będzie prowadził T. Kowalski; do wyjazdu ostatecznie nie doszło (mimo wydania zgody przez władze niemieckie i nawet przygotowania już godzin połączeń kolejowych z Krakowa do Stambułu, z przesiadką w Wiedniu), ponieważ Kowalski obawiał się, że po wojnie mógłby być uznany za zdrajcęMarek Stachowski, Kowalski, Caferoğlu und die Universität Stambul. „Türk Dilleri Araştırmaları”, İstanbul 1998, 8, 211–228.Marek Stachowski, Tadeusz Kowalski a sprawa jego niedoszłego wyjazdu na Uniwersytet Stambulski. „LingVaria”, Kraków 2010, 5/1, 149–168..