Powszechnie znana – acz nie poparta jak na razie materiałami archiwalnymi – jest informacja, że Kowalski nie chciał zostawić doskonałej biblioteki turkologicznej w Krakowie, obawiając się, że po wojnie już jej nie odzyska. Rzeczywiście, materiały w Archiwum PAN i PAU, Oddz. w Krakowie dowodzą, że strona niemiecka nie wyraziła zgody na wywóz czegokolwiek z Polski do Turcji i nawet zabranie z sobą niektórych rzeczy osobistych, jak zegarek, było poważnym problemem.
PAU i towarzystwa naukowe Kowalski aktywnie uczestniczył w życiu środowiska naukowego. W 1927 został powołany na członka korespondenta, a w 1932 na członka czynnego Polskiej Akademii Umiejętności; w latach 1936–1939 był sekretarzem Wydziału I PAU, a od 1939 sekretarzem generalnym całej Akademii. Przyczynił się do szybkiego wznowienia działalności przez PAU po wojnie. W Komisji Orientalistycznej Akademii pełnił funkcję sekretarza (1918–1935), przewodniczącego (od 1935) oraz dyrektora Wydawnictw (od 1935);