Specjalne sekcje (Komunistų-Žydų Skyrius) zwalczały komunistów i prowadziły prześladowania ludności żydowskiej, przygotowując listy proskrypcyjne osób przeznaczonych do eksterminacji. Poszukiwały też Żydów zbiegłych z getta, a następnie przekazywały ich Niemcom lub litewskim formacjom kolaboracyjnym, jak np. Ypatingasis būrys (tzw. „strzelcy ponarscy”). Szczególną aktywność przejawiała taka sekcja w okręgu wileńskim, na czele której stał Juozas Bagdonis. Działalność skierowana przeciwko Żydom najbardziej była rozwinięta w II poł. 1941, później, gdy żydowska społeczność Litwy została faktycznie wymordowana, na plan pierwszy wysunęła się walka z komunistami i polskim podziemiem, a pod koniec okupacji także z coraz silniejszą sowiecką partyzantką.
Działalność Saugumy w większych miastach i na prowincji różniła się zasadniczo. W tym pierwszym przypadku jej funkcjonariusze prowadzili głównie działania operacyjne, rozpatrując różne sprawy, ale nie uczestniczyli osobiście w mordowaniu Żydów, komunistów i innych wrogów publicznych. Po przesłuchaniach byli oni przekazywani niemieckim strukturom bezpieczeństwa, które zajmowały się eksterminacją. Natomiast funkcjonariusze Saugumy w mniejszych miastach wykazywali większą aktywność i bezpośrednio brali udział w masowych rozstrzeliwaniach.