Szefowie poszczególnych okręgów sami często przygotowywali takie akcje.
Z drugiej strony część funkcjonariuszy Saugumy, zarówno wyższego szczebla, w tym dowództwa, jak też niższych rangą, współpracowała z ruchem oporu. Byli oni członkami konspiracyjnych organizacji litewskich, dostarczając im tajnych informacji o planach i działaniach Niemców. Należeli do nich Povilas Žičkus, szef Departamentu Administracyjnego Saugumy, który z tego powodu 14 maja 1944 został aresztowany przez Gestapo i zesłany do więzienia w Niemczech, czy Kazys Gimžauskas, zastępca dowódcy okręgu wileńskiego, który był aktywnym członkiem konspiracyjnej organizacji Kęstutis. Wiedział o tym szef okręgu wileńskiego, A. Lileikis, ale nikomu tego nie zdradził.
Struktura organizacyjna Na czele Saugumy stanął agent Abwehry Stasys Čenkus, sprawując tę funkcję do końca okupacji. Jego zastępcą był Kazys Matulis, a osobistym sekretarzem – Vytenis Stasiškis. Szefem policji kryminalnej został Petras Pamataitis. Wielu członków Saugumy wywodziło się z nacjonalistycznej organizacji Żelazny Wilk. Liczebność Saugumy wynosiła ok. 400 ludzi, w tym ok. 250 w Kownie i ok. 130 w Wilnie.