W skład dowództwa wchodziło 7 Departamentów, w tym m.in.: Organizacji (Povilas Žičkus), Ekonomiczno-Finansowy (Pranas Nenorta), Informacji (Juozas Jucius), Komunistów, Mniejszości Narodowych i Żydów. Sauguma dzieliła się na 6 terytorialnych okręgów (apygarda): Kowno – Albinas Čiuoderis, Wilno – Aleksandras Lileikis, Szawle – Juozas Pakulis, Wiłkomierz – Aleksandras Braziukaitis, Mariampol – Petras Banys, Poniewież – Antanas Liepa. W każdym z nich było po 7 komisariatów: ochrony (ochrona budynków i więzienia), finansowy, informacji (prześwietlanie kandydatów do instytucji rządowych, zbieranie informacji wywiadowczych, tworzenie list wrogów publicznych, przygotowywanie raportów i publikacji), komunistów (zbieranie informacji wywiadowczych o komunistach i ich sympatykach, sowieckich partyzantach oraz konspiracyjnych organizacjach komunistycznych, aresztowanie i przesłuchiwanie schwytanych komunistów, rekrutowanie agentów), polski (śledzenie aktywności konspiracyjnych organizacji polskich, w tym przede wszystkim Armii Krajowej, aresztowanie i przesłuchiwanie schwytanych Polaków, rekrutowanie agentów), mniejszości narodowych (śledzenie i kontrolowanie aktywności Rosjan, Białorusinów, Ukraińców i innych mniejszości), rozpoznawczy. W niektórych okręgach występowały dodatkowe komisariaty, np.