Produkcja thumb|Projektant Jenova Chen w 2007 roku Flower w założeniu był duchowym spadkobiercą gry na Flash pod tytułem Flow, stworzonej przez Jenovę Chena i Nicholasa Clarka, wówczas studentów University of Southern California. Flow później uległ konwersji autorstwa Thatgamecompany na PlayStation 3 (w 2007 roku) i SuperVillain Studios na PlayStation Portable (w 2008 roku). Flower był pierwszą grą Thatgamecompany wykonaną bez powiązań z uniwersytetem. Po raz pierwszy produkcję zapowiedziano 24 września 2007 roku na Tokyo Game Show, a ukazała się ona 12 lutego 2009 roku przez PlayStation Network. Flower w zamierzeniu miał wzbudzić w graczu pozytywne emocje. Na różnych etapach produkcji pracowało od sześciu do dziewięciu osób. Chen, który współtworzył Thatgamecompany z producentką Kellee Santiago, objął funkcję dyrektora kreatywnego nad grą, podczas gdy Clark był jej głównym projektantem. Chen opisał grę jako interaktywny poemat o konflikcie między miastem a przyrodą. Już we wczesnym etapie tworzenia gry zdecydował się na uczynienie jej głównym tematem natury, chcąc umożliwić graczowi obcowanie z przyrodą przy użyciu konsoli PlayStation 3.