Zanim rozpoczęły się prace nad dziełem, zespół pracujący nad nim zlecił stworzenie ścieżki dźwiękowej, której pozytywny ton miał być drogowskazem dla dalszych działań studia. Twórcy zainicjowali liczne koncepty, z których ich zdaniem ten polegający na ruchu płatków pod wpływem wiatru najlepiej uchwycił emocje, jakie zamierzali wzbudzić w graczu. Celem twórców gry było uspokojenie gracza; w związku z tym usunęli elementy rozgrywki mogące frustrować potencjalnych odbiorców. Zespół początkowo planował nie ograniczać działań gracza, pozbawiając gry niewidzialnych barier; okazało się jednak, że gracze odczuwali frustrację i zakłopotanie, gdy byli pozbawieni dodatkowych wytycznych w rodzaju kamery skupionej na nowych kwiatach czy podziału świata gry na poziomy. Chen stwierdził, że początkowo jego studio planowało pozbawienie gry tradycyjnych wzorców, ale w celu zapewnienia dobrych doznań musiało je przywrócić. Cały proces produkcji gry trwał dwa lata, ale trzy czwarte tego czasu zajęło tworzenie jej prototypu. Po decyzji o wykorzystaniu danych elementów produktu pracowano nad grą Flower zaledwie sześć miesięcy.