Łącznie ogłosił ponad czterysta prac. Publikacje naukowe Stanisława Kutrzeby miały istotne znaczenie dla nauki polskiej. Do korzystania z jego dzieł (szczególnie Historia ustroju Polski i Litwy w zarysie) w pracy nad redakcją Encyklopedii staropolskiej (1937–1939) przyznał się m.in. Aleksander Brückner.
Publikacje Wydawnictwa źródłowe akta do stosunków handlowych Polski z Węgrami z lat 1354–1505 (1909) prawa, przywileje, statuty i lauda księstw oświęcimskiego i zatorskiego (1912) Materiały do dziejów pospolitego ruszenia z lat 1497 i 1509, zebrane w części przez śp. Adolfa Pawińskiego (1902) Wykaz urzędów i służby dworu królewskiego w Polsce z czasów Henryka Walezego (1902) Zbiór aktów do historyi ustroju sądów prawa polskiego i kancelaryj sądowych województwa krakowskiego z wieku XVI–XVIII (1909) Ordo coronadi regnis Poloniae (1910) Wizytacje dóbr arcybiskupstwa gnieźnieńskiego i kapituły gnieźnieńskiej z XVI wieku (1920) Akta sejmikowe województwa krakowskiego 1572–1620 (1932) Akta unii Polski z Litwą 1396–1791 (1932, z Władysławem Semkowiczem) Polskie ustawy i artykuły wojskowe: od XV do XVIII wieku (1937) (cyfrowa wersja znajduje się w zasobach Wielkopolskiej Biblioteki Cyfrowej) Polskie ustawy wiejskie XV–XVIII wieku (1938, z Alfonsem Mańkowskim)