Praca naukowa thumb|Stanisław Kutrzeba thumb|Grób Stanisława Kutrzeby na cmentarzu Rakowickim W pracy naukowej zajmował się historią średniowiecznego prawa polskiego, historią ustroju Polski od XIV do XVIII wieku, historią Krakowa. Rozwój polskich instytucji ustrojowych przedstawił w obszernej pracy Historia ustroju Polski w zarysie. I Korona. II Litwa. III Po rozbiorach – część I. IV Po rozbiorach – część II (1905–1917). Zajmował się prawną naturą związków Polski z Litwą. Inna znacząca praca Kutrzeby, Historia źródeł dawnego prawa polskiego (1925–1926, 2 tomy), prezentowała charakterystyki źródeł do ziemskiego prawa koronnego, mazowieckiego, śląskiego, pruskiego i litewskiego oraz do prawa dotyczącego stanów i wyznań; PAU przyznała autorowi nagrodę im. Barczewskiego (1926), a Adam Vetulani nazwał publikację „najważniejszym o charakterze pomocniczym dziełem dla nauk historycznych, jakie powstało w okresie międzywojennym”.
Zajmował się ponadto m.in. kwestią średniowiecznej skarbowości Krakowa. Wspólnie z Janem Nepomucenem Fijałkiem prowadził badania nad kopiarzem rzymskim Erazma Ciołka. Opracował katalog zbiorów Archiwum Krajowego Aktów Grodzkich i Ziemskich (1909) oraz katalog rękopisów Muzeum Czartoryskich w Krakowie (1909–1913, 4 zeszyty).