Wielu teologów chrześcijańskich przedstawiało bardzo różne koncepcje kanonu, jednak do rozłamu na tym tle doszło dopiero w trakcie reformacji, kiedy ustalił się podział na kanony: katolicki, prawosławny i protestancki.
W XVI w. Marcin Luter, podobnie jak niektórzy inni katoliccy bibliści owego czasu, przyjął założenie, że kanon hebrajski jest bardziej pierwotny i odrzucił księgi w nim niewystępujące. W chrześcijaństwie rozgorzała trwająca do dziś dyskusja, które księgi powinny należeć do kanonu. Pisma (Starego i Nowego Testamentu) odrzucone przez Lutra w katolicyzmie nazwano deuterokanonicznymi, protestanci zaliczyli je do apokryfów.
Chrześcijanie tradycyjnie grupowali księgi Biblii na historyczne, dydaktyczne i prorockie, inaczej niż Żydzi. W katolicyzmie podział ten wygląda następująco:
Historyczne Pięcioksiąg Mojżesza Rodzaju Wyjścia Kapłańska Liczb Powtórzonego Prawa Inne księgi historyczne Jozuego Sędziów Rut Samuela (1 i 2) Królów (1 i 2) Kronik (1 i 2) Ezdrasza i Nehemiasza (początkowo były jedną księgą) Tobiasza (deuterokanoniczna) Judyty (deuterokanoniczna) Estery (dodatki deuterokanoniczne) Machabejska (1 i 2) (deuterokanoniczne)