W połowie 1940 roku w związku z jego działalnością w ZWZ został zatrzymany i osadzony w obozie pracy, gdzie najpierw spędził dwa miesiące pracując na torfowiskach. Następnie został przeniesiony do fabryki mebli w Nowej Wilejce. Utracił wtedy łączność z organizacją. Po zajęciu Wileńszczyzny przez wojska niemieckie nawiązał kontakt z bliżej nieznaną organizacją konspiracyjną. W 1942 roku podporządkował się Gracjanowi Frógowi „Góralowi”. Do jego obowiązków należało werbowanie nowych ochotników. Zdobywał także broń. W 1942 roku miał pod swoją komendą pełny pluton. W kwietniu albo maju 1941 roku zawarł związek małżeński z Genowefą Mężyńską. W lutym 1943 roku urodziła mu syna. Dano mu imię Romuald.
Od 21 października 1943 roku został szkoleniowcem 3 Wileńskiej Brygady AK, a także dowódcą 1 kompanii szturmowej. Brygadą dowodził por. Gracjan Fróg „Szczerbiec”. W listopadzie Komenda Okręgu chciała pozbawić „Szczerbca” samodzielnego dowództwa. Jego grupa miała wejść w skład oddziału „Łupaszki”. „Szczerbiec” odmówił wykonania rozkazu. Z tego względu 20 grudnia 1943 roku Komenda Okręgu AK przysłała do oddziału trzech oficerów. Oficerowie zostali aresztowani, a dwóch z nich wychłostano. Część kary wymierzył „Bury” osobiście. Nie wyciągnięto żadnych konsekwencji wobec uczestników puczu.