Przeżyła zamach na swoje życie 19 grudnia 1902. Jej napastnik Herman Helcher był byłym uczniem, który wcześniej został uznany za niepoczytalnego z powodu gorączki i któremu natychmiast wybaczyła, jak napisała: „Byłoby skandalem przeciwko cywilizacji, gdyby został wysłany do więzienia za czyn, który był produktem chorego mózgu”. Atak pozostawił ją z chronicznym bólem ucha i infekcją gardła, które często wpływały negatywnie na jej zdolność mówienia lub koncentracji.
De Cleyre zmarła na septyczne zapalenie opon mózgowych 20 czerwca 1912 w szpitalu św. Marii z Nazaretu w Chicago. Pochowano ją obok obrońców Haymarket i innych działaczy społecznych na cmentarzu German Waldheim Cemetery (obecnie Forest Home Cemetery) w Forest Park, na przedmieściach Chicago. Goldman została później pochowana również w tej części cmentarza.