W latach 2001–2006 nastał słabszy okres dla klubu, czerwono-biali tracą drugą pozycję w kraju. Okres ten kończy wejście nowego sponsora, brytyjskiej grupy ENIC Group. Efektem tego były dwa mistrzostwa w latach 2008 i 2009. Slavia budowała swój skład w oparciu o młodych graczy. Wielu z nich występuje w młodzieżowych reprezentacjach, jak, Jakub Diviš, Petr Janda (wszyscy Czechy U-21). W zespole są też reprezentanci kadr narodowych to: Tijani Belaïd (Tunezja). Slavia dostała się do fazy grupowej Ligi Mistrzów 2007/2008 pokonując w III rundzie kwalifikacji AFC Ajax. W 2009 r. sytuacja zmieniła się na gorsze, klub popadł w zadłużenie, sponsor wycofał się z klubu w 2011 r. Znów nastało kilka słabszych sezonów zakończonych w środku ligowej stawki (2009-2015).
W 2015 r. w Slavię zainwestowała potężna chińska spółka energetyczna, będąca jednym z większych przedsiębiorstw Chin - CEFC China Energy. Od tego momentu czerwono-biali są pierwszą siłą czeskiego futbolu, a ich popularność rośnie z roku na rok, przyćmiewając pierwszy raz od lat czterdziestych lokalnego rywala - Spartę. Średnia widzów w lidze od 2015 r. podniosła się z ok. 6 tys. na mecz do 16 tys. na mecz w sezonie 2019/20.