Epoka turecka W 1517 Palestynę zdobyli Turcy. Rozpoczął się okres naznaczony rywalizacją o miejsca święte pomiędzy franciszkanami jako przedstawicielami Kościoła łacińskiego a Patriarchatem prawosławnym faworyzowanym przez władze tureckie. Grecy byli poddanymi imperium osmańskiego, co sytuowało ich na uprzywilejowanej pozycji. Franciszkanie mogli w niektórych okresach liczyć na wsparcie dyplomacji mocarstw europejskich, takich jak np. Francja. Stopniowo prawosławie zyskało nowego protektora w Imperium Rosyjskim. Lp. Imię i nazwisko Kraj pochodzenia Lataurzędowania Uwagi 41. Zenobiusz z Florencji Italia 1517-1518 42. Gabriel Italia 1518-1519 43. Anioł z Ferrary Italia 1519-1528 44. Jan Italia 1528 45. Mario z Messyny Italia 1532 zmarł w trakcie 46. Battista z Maceraty Italia 1532-1535 47. Tomasz z Nursji Italia 1535-1539 zmarł w więzieniu w Damaszku 48. Dionizy z Sarcognano Italia 1541-1543 49. Feliks z Wenecji Italia 1543-1544 50. Jerzy z Bośni Bośnia 1544-1545 51. Feliks z Wenecji Italia 1545-1547 drugi raz 52. Bonaventura Corsetto Dalmacja 1547-1551 53. Bonifacy z Raguzy Dalmacja 1551-1559 54. Antoni z Bergamo Italia 1559-1560 55. Aurelio Griani z Orzinuovi Italia 1560-1562 56. Bonifacy z Raguzy Dalmacja 1564-1565 drugi raz 57. Bernardyn z Collestate Italia 1565-1566 58. Girolamo z Fossato Italia 1566-1568 59.