Bardejów był członkiem związku pięciu wolnych miast królewskich wschodniej Słowacji – Pentapolitany. Rozwoju miasta nie załamały liczne dotykające go konflikty zbrojne. Podczas wojny polsko-węgierskiej w 1402 r. Bardejów oblegały wojska polskie. W 1430 r. miasto napadli husyci. Później niszczyły je wojny węgiersko-habsburskie i wojny z Turkami.
Szczyt rozwoju Bardejowa przypadł na przełom XVI i XVII w. W dużej mierze na rozwój ten wpłynęła reformacja, którą przyjął niemiecki patrycjat miasta. Z tego czasu pochodzi większość zabytkowych budowli. W mieście od 1539 r. istniało ewangelickie gimnazjum, założone przez Leonarda Stöckela, który także opracował i wydał statut szkoły. Leges scholae Bartfensis (Prawa szkoły Bardejowskiej) były najstarszym tego rodzaju uregulowaniem na ówczesnych Węgrzech. Funkcjonowała tu publiczna biblioteka i teatr. Działały dwie drukarnie: pierwsza z nich została założona już w 1548 r. przez wspomnianego L. Stöckela. W 1581 r. w oficynie Dávida Gutgesela został wydany tzw. Bardejovský katechizmus – przekład Małego katechizmu Marcina Lutra, uznany za najstarszą drukowaną książkę wydaną w słowakizowanym języku czeskim. Papier i pergamin dla tych wydawców wytwarzali miejscowi rzemieślnicy.