Pod koniec XVII w. miasto zaczęło jednak podupadać, do czego przyczyniły się m.in. toczące się w tych okolicach węgierskie powstania przeciw Habsburgom.W 1679 r. dotknęła je epidemia, w 1680 r. wielki pożar; podobne katastrofy powtarzały się przez cały XVIII w. W 1725 r. dotknęło miasto trzęsienie ziemi, w wyniku którego m.in. ucierpiała wieża kościoła św. Idziego. Kolejne pożary miały miejsce w 1774 i w 1878 r. - w tym drugim uległo spaleniu prawie całe miasto w obrębie murów obronnych.
Od XVIII w. datuje się lecznicze wykorzystanie okolicznych źródeł mineralnych, w tym rozwój Bardejowskiego Zdroju.
Według danych zebranych przez Eugeniusza Janotę około 1860 r.E. Janota: Bardyjów (...) s. 66-67 w samym mieście było 166 domów, w większości murowanych, a wraz z przedmieściami 642. Liczba ludności przekraczała nieco 4 tysiące, z czego 2600 rzymskich katolików, do 200 grekokatolików, 860 protestantów wyznania augsburskiego i 480 żydów. Rzemieślnicy bardejowscy zrzeszeni byli w 24 cechach, z czego najwięcej było ciżmarzy (54), tkaczy (40), garncarzy (24), kapeluszników (20) i bednarzy (18). Pracowali także jeszcze m.in. mydlarze, powroźnicy, siodlarze, rymarze, grzebieniarze, złotnicy czy piernikarze.