1 sierpnia 1990 r. dotychczasowe milicyjne Biuro Ochrony Rządu zostało przeformowane w Jednostkę Wojskową Nr 1004. Jego funkcjonariusze otrzymali status żołnierzy, nadal jednak pełnili służbę w resorcie spraw wewnętrznych. Ponadto w 1990 r. z rozkazu ministra spraw wewnętrznych z dnia 13 lipca 1990 (nr 001/90) powołano w strukturze NJW MSW jednostkę specjalną GROM Grupa Reagowania Operacyjno-Manewrowego, funkcjonującą jako jednostka wojskowa 2305. Dowódcą został gen. Sławomir Petelicki.
W 1992 r., w czasach transformacji ustrojowej, pojawiła się koncepcja przekształcenia Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych w Gwardię Narodową Rzeczypospolitej Polskiej, która byłaby podporządkowana prezydentowi. Koncepcja nie została jednak zrealizowana.
Od 1 stycznia 1997 r., po zniesieniu urzędu Ministra Spraw Wewnętrznych i utworzeniu w jego miejsce urzędu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, na mocy ustawy z dnia 8 sierpnia 1996 r. pt. Przepisy wprowadzające ustawy reformujące funkcjonowanie gospodarki i administracji publicznej, Nadwiślańskie Jednostki Wojskowe MSW zmieniły nazwę na Nadwiślańskie Jednostki Wojskowe Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji (MSWiA). Art. 134 ust.