2 Konstytucji RP z dnia 2 kwietnia 1997 roku określił rolę Prezydenta RP jako najwyższego zwierzchnika Sił Zbrojnych, sprawowaną poprzez Ministra Obrony Narodowej. W ślad za tym nowa ustawa z dnia 4 września 1997 r. o działach administracji rządowej wprowadziła zasadę, zgodnie z którą polscy żołnierze mogli pozostawać tylko pod komendą Ministerstwa Obrony Narodowej. Nowe przepisy jednoznacznie zapowiadały nadchodzący koniec NJW MSWiA w dotychczasowym kształcie, czego pierwszym zwiastunem stało się w 1999 r. przekazanie GROM z MSW do MON

Ostatecznie 22 stycznia 2000 r. MSWiA podjęło decyzję o likwidacji Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych MSWiA (decyzja nr 23), a płk Damian Jakubowski stał się ich ostatnim dowódcą i likwidatorem. 30 marca 2001 r. weszła w życie ustawa z 16 marca 2001 r. o Biurze Ochrony Rządu., na mocy której jednostkę przekształcono w jednolitą, umundurowaną i uzbrojoną formację o charakterze policyjnym. Od tego momentu żołnierze JW 1004 stali się z mocy prawa funkcjonariuszami BOR z przysługującymi im stopniami służbowymi. W dokumencie wyznaczono również ostateczną datę likwidacji NJW MSWiA.