Oprócz spraw związanych z Biurem Ochrony Rządu w ustawie znajdowały się także artykuły dotyczące funkcjonowania Straży Marszałkowskiej, umundurowanej formacji podległej Marszałkowi Sejmu (bezpośrednio nadzorowanej przez Szefa Kancelarii Sejmu) przeznaczonej do ochrony Sejmu i Senatu. 1 Warszawską Brygadę Zmotoryzowaną im. Czwartaków AL liczącą prawie 3 tysiące żołnierzy wraz z kilkoma innymi jednostkami przejęło w części Biuro Ochrony Rządu ze Strażą Marszałkowską. MSWiA postanowiło, że pozostały sprzęt likwidowanych jednostek zostanie rozparcelowany między policję i straż graniczną, 103 Pułk Lotnictwa dysponujący śmigłowcami wejdzie w skład krajowego systemu ratowniczo-gaśniczego, budynki i nieruchomości zostaną przejęte przez Ministerstwo Obrony Narodowej lub pozostaną w gestii MSWiA zaś tereny, które zajmowały Nadwiślańskie Jednostki Wojskowe w całym kraju zostaną przekazane starostwom powiatów. Do końca grudnia 2001 r. Nadwiślańskie Jednostki Wojskowe MSWiA zostały ostatecznie zlikwidowane. Część żołnierzy rozwiązanych jednostek znalazła zatrudnienie w BOR, GROM-ie, Straży Marszałkowskiej i Straży Granicznej. Około pół tysiąca żołnierzy zawodowych i 200 pracowników cywilnych straciło pracę w wyniku likwidacji NJW.