Odbudowa ewangelickich struktur kościelnych i organizacja nowego luterańskiego kościoła rozpoczęła się dopiero po 1989. Do jego powołania doszło w 1992, kiedy to Synod w Omsku wybrał na superintendenta ks. Nikolausa Schneidera. W 1993 kościół objął swym zasięgiem ponad 200 zborów i grup wiernych, jednak w kolejnych latach, na skutek emigracji Niemców, liczba wiernych znacznie się zmniejszyła.
Struktura Zrzesza około 4000 wiernych w 144 zborach, wchodzących w skład trzech diecezji: diecezja wschodnio i zachodniosyberyjska - z siedzibą w Omsku, obejmuje swoim zasięgiem Chakasję, obwód omski, obwód kemerowski, obwód irkucki, obwód nowosybirski, Kraj Ałtajski, Kraj Krasnojarski, Kraj Zabajkalski diecezja uralska - z siedzibą w Czelabińsku, obejmuje swoim zasięgiem obwód czelabiński, obwód swierdłowski, obwód tiumeński diecezja dalekowschodnia - z siedzibą w Władywostoku, obejmuje swoim zasięgiem obwód magadański, Kraj Chabarowski, Kraj Nadmorski
W kościele w 2013 pracowało 17 księży oraz ponad stu kaznodziejów. Stanowisko biskupa kościoła pełni od 2017 ks. Alexander Scheiermann, jego siedzibą pozostaje Omsk, gdzie znajduje się Centrum Kościoła.