Podsumował to mówiąc krótko: "Służył moim celom".
W kwietniu po zakończeniu szkoły został mianowany mistrzem gramatyki szkoły w Roxbury. Następnie zgodził się nauczać w tejże szkole, za 44 funty, 16 szylingów i 9 pensów rocznie które były wypłacane jego matce. Nauczał tam przez blisko rok. Warren zdobył tytuł magistra medycyny na Harvardzie w 1762 roku.
Loża masońska Już po rozpoczęciu praktyki medycznej dnia 10 września 1761 roku przyłączył się do loży masońskiej St. Andrew, i regularnie uczęszczał na jej spotkania, poznał tam Paula Revera. Został wybrany mistrzem loży 30 listopada 1768. W dniu 30 maja 1769 roku George hrabia Dalhousie, wielki mistrz Szkocji przyznał Josephowi Warrenowi tytuł wielkiego mistrza prowincji Bostonu, Nowej Anglii, i terenów oddalonych o 100 mil od siedziby loży. 3 marca 1772 rozszerzono jego jurysdykcję na całą Amerykę Północną. Warren sprawował władzę od 27 grudnia 1796 roku nad lożą znajdującą się w Green Dragon Tavern w bostonie i piastował ten urząd aż do śmierci. Organizacja ta jest znana jako Massachusetts Grand Lodge. Zdobyła ona niezależność 8 marca 1777 stając się pierwszą niezależną Wielką Lożą w Stanach Zjednoczonych.