Został przewodniczącym Komitetu Bezpieczeństwa po Masakrze Bostońskiej z 5 marca 1770 roku. Wygłosił dwa przymówienia dla upamiętnienia tego wydarzeniaDrugie przemówienie wygłosił w marcu 1775, gdy miasto zostało zajęte przez wojska armii brytyjskiej. Gościł w swym domu generała Israela Putmana, który to przybył do Bostonu przyprowadzając ze sobą sto owiec, aby nakarmić mieszkańców miasta, gdyż tamtejszy port został zamknięty. Pod nieobecność Samuela Adamsa, Warren przejął rolę przywództwa w Bostonie i zajął się gromadzeniem milicji oraz zaopatrzeniem ich w broń i amunicję. W nocy 18 kwietnia 1775 roku Joseph, Paul Revere oraz William Dawes udali się do Lexington aby ostrzec znajdujących się tam Paula Revera i Johna Hancocka, iż angielscy żołnierze chcą ich aresztować. Informacje tą posiadał od wysoko postawionego informatoraWedług historyka Davida Hackett Fischera, który znalazł silne, ale niejednoznaczne dowody, że informatorem była Margaret Gage, żona gen. Thomasa Gaga..