Po tym jak opracował postanowień z Suffolk, które zatwierdził Kongres Kontynentalny stawiając opór brytyjskiemu Intolerable Acts, został mianowany prezydentem Massachusetts Provincial CongressByło to najwyższe stanowisk w rewolucyjnym rządzie..
Lexington i Concord Po Bostonie od wielu tygodni rozchodziły się plotki, że generał Gage miała plany zniszczenia amunicji przechowywanej przez kolonistów w Concord oraz, że armia brytyjska będzie przejmować drogi do Lexington. Gdy Warren dowiedział się o potyczkach pod Lexington i Concord, zostawił swoich pacjentów pod opieką asystenta Williama Eustisa i ruszył na miejsce wydarzeń. 19 kwietnia 1775 koordynował oddziały milicji u boku Williama Heatha oraz służył pomocą medyczną. Gdy oddziały angielskiej armii wracały do bostonu, przypuszczał ataki na ich boki. Podczas tych starć o mało nie zginął raniony w okolicach ucha kulą z muszkietu. Po powrocie zajął się rekrutacją i organizowaniem żołnierzy do oblężenia Bostonu i prowadził negocjacje z generałem Gagem.