Przed ostateczną konfrontacją z Ganondorfem Link udaje się do Świątyni Czasu na spotkanie z Sheikiem, który zdradza Linkowi, kto posiada poszczególne części Trójmocy. Później okazuje się, że Sheik to księżniczka Zelda, ukrywająca się przed Ganondorfem. Zelda przekazuje Linkowi Świetliste Strzały (Light Arrows), które mają zniszczyć Ganondorfa. Ten jednak korzysta z chwili nieuwagi Zeldy i porywa ją do swojego zamku, zamykając ją w krysztale. Link udaje się do Zamku Ganondorfa (Ganondorf's Castle) zbudowanego na miejscu starego zamku Hyrule, a wszyscy Mędrcy tworzą most, dzięki któremu można do zamku wkroczyć. Link dzięki Świetlistym Strzałom otrzymanym od księżniczki Zeldy oraz medalionom otrzymanym od Mędrców łamie bariery ochraniające wieżę Ganondorfa (Ganondorf's Tower) i dociera do najwyższej komnaty wieży, gdzie toczy z nim walkę. Pokonany Ganondorf ostatkiem sił chce pogrzebać Linka i uwolnioną Zeldę w ruinach swojej wieży – lecz obydwojgu udaje się uciec. Ganondorf wykorzystuje Trójmoc Mocy – tę część którą posiada, wydostaje się z zamkowych ruin i transformuje się w wielkiego potwora – Ganona. Link toczy z nim długą walkę. Gdy dostatecznie osłabia Ganona, uderzają wszyscy Mędrcy zamykając go w innym wymiarze.