Ten poprzysięga zemstę, gdyż Trójmoc Mocy nadal jest w jego posiadaniu.
Link zwraca Miecz Mistrza na piedestał zamykając przejście przez czas. Ganondorf znika ze świata a wszelkie rzucone przez niego klątwy zostają zdjęte. Link wraca do swojego życia, jednak na sam koniec ponownie spotyka się z księżniczką Zeldą...
Rozgrywka Gra, choć umieszczona w środowisku 3D, kontynuuje tradycje serii Legend of Zelda. Przejawia się to między innymi przedstawieniem potworów obecnych w poprzednich częściach serii za pomocą grafiki 3D (do czasu Ocarina of Time wszystkie miały grafikę 2D) czy powieleniem mechaniki gry.
Schemat gry polega na odwiedzaniu kolejnych lokacji, odnalezieniu wejścia do labiryntu, rozwiązanie umieszczonych w nim zagadek wymagających nie tylko zręczności, ale również użycia posiadanych przedmiotów, odnalezienie pomieszczenia z bossem labiryntu (wielki, szczególnie silny potwór) i pokonanie go. Często wykonanie tych czynności wymagać będzie odnalezienia nowego przedmiotu (np. proca, łuk, lustrzana tarcza) lub pokonania tzw. sub-bossa – również silnego potwora, znajdującego się w jednym z pomieszczeń labiryntu.