Frygidiana z Lukki), a w 1564 uzyskała honorowe pierwszeństwo wśród wszystkich zakonów.
W XVII wieku doszło do konsolidacji i zjednoczenia wielu domów kanonickich we Francji (Kongregacja Francuska) oraz w Lotaryngii (Kongregacja Naszego Zbawiciela). Był to także okres dalszej ekspansji Kongregacji Laterańskiej, która wchłonęła m.in. irlandzką Kongregację św. Patryka. W tym czasie ośrodkiem odrębnej kongregacji stała się także prepozytura krakowska pw. Bożego Ciała, dzięki reformom prepozytów Marcina Kłoczyńskiego (1612–1644) i Jacka Liberiusza (1644–1673).
Wiek XVIII przyniósł największy w historii kryzys zakonu kanoników regularnych. Reformy oświeceniowych rządów doprowadziły do zamknięcia wielu domów kanonickich w Niemczech, Włoszech i Francji. Największy cios zadały mu jednak Wielka rewolucja francuska. W 1790 we Francji zlikwidowano prawie wszystkie wspólnoty i domy zakonne, w tym także domy i kongregacje kanoników regularnych. Wielu kanoników poniosło śmierć z rąk rewolucjonistów (np. kanonicy z Mont Saint-Eloi). Ekspansja rewolucyjnej, a potem napoleońskiej Francji doprowadziła do likwidacji zakonów także w innych krajach. W 1799 likwidacji uległa Kongregacja Laterańska.