Śledztwo Podejrzenia osób prowadzących śledztwo skierowały się od początku w stronę osób, które w dniu zabójstwa widziano w pobliżu lasu. Wśród nich był niejaki Leopold Hilsner, upośledzony umysłowo włóczęga, pochodzenia żydowskiego. Przeszukanie domu, w którym mieszkał Hilsner, nie przyniosły efektu, ale sam podejrzany nie miał alibi na dzień zabójstwa. Wkrótce został aresztowany, a 12 września 1899 rozpoczął się jego proces.
Proces i wyrok Hilsner stanął przed sądem w Kutnej Horze. Nie przyznawał się do zarzucanej mu zbrodni. Jedynym dowodem przeciwko oskarżonemu były ślady na jego spodniach, które w opinii chemików miały być śladami krwi, które Hilsner próbował usunąć przy pomocy wody. W opinii dwóch świadków zeznających w procesie, feralnego dnia widziano go w towarzystwie dwóch innych Żydów, w pobliżu lasu Březina. Zarówno prokurator państwowy, jak i prokurator pomocniczy Karel Baxa, reprezentujący rodzinę Hrůzá, wyraźnie sugerowali w toku procesu, że popełniono mord rytualny, a Hilsner był jednym ze współsprawców. 16 września Leopold Hilsner został skazany na karę śmierci.