Rodzaje chromatografii Do analiz bardzo małych ilości związków chemicznych stosuje się chromatografy typu nanoHPLC. Kolumny tych chromatografów mają średnicę kilkudziesięciu µm i długość od kilkunastu do kilkudziesięciu cm. Chromatografy nanoHPLC pracują przy szybkości przepływu eluentu rzędu kilkuset nl na minutę. Analiza próbki trwa od kilkudziesięciu do kilkuset minut. Chromatografy nanoHPLC charakteryzują się bardzo dużą rozdzielczością kosztem mniejszej powtarzalności uzyskanych wyników.
Aparaty do preparatywnej HPLC posiadają kolumny o znacznie większych przekrojach od aparatów do analitycznej HPLC (rzędu kilku do kilkudziesięciu centymetrów), co umożliwia rozdzielanie na nich większych objętości analizowanych substancji – rzędu kilku ml lub więcej. Budowa pomp układów preparatywnych zasadniczo różni się od aparatu analitycznego, co wynika ze stosowania większych przepływów fazy ruchomej.