Szczególnym przypadkiem HPLC jest SEC (size exlusion chromatography) zwany również GPC (gel permeation chromatography). Techniki te są oparte na porowatych wypełnieniach żelowych, w których rozdział następuje nie wskutek powinowactwa chemicznego analizowanych związków do wypełnienia, lecz wskutek zatrzymywania cząsteczek analizowanej mieszaniny przez pory fazy stacjonarnej. Przez kolumny SEC szybciej przechodzą związki o większej masie cząsteczkowej, a wolniej o mniejszej. Jest to metoda stosowana do oznaczania średnich mas cząsteczkowych polimerów i ich polidyspersji.
Chromatografię cieczową (zwłaszcza analityczną) można realizować w kilku różnych wariantach: chromatografia par jonowych (stosowane są dodatki związków powierzchniowo czynnych), chromatografia jonowymienna (wypełnienia o właściwościach wymieniaczy jonowych), rozdziały enancjoselektywne z odpowiednio dobranym wypełnieniem kolumny i/lub składem fazy ruchomej.
Wszystkie wymienione rodzaje chromatografii można realizować w układzie analizy gradientowej, w których skład fazy ruchomej jest zmienny w czasie analizy (wzrost siły elucyjnej w układzie w przypadku analiz w fazie odwróconej, zmiana siły jonowej w przypadku chromatografii jonowymiennej).