Powtórny wyjazd Po upadku powstania Komarzewski wyjechał powtórnie za granicę. Podróżował m.in. do Drezna i Wenecji, prawdopodobnie na polecenie króla, skąd donosił mu o działalności polskich emigrantów. Towarzyszył królowi w czasie jego podróży – już po abdykacji – do Petersburga, gdzie przebywał z nim aż do jego śmierci w 1798 roku.
Po śmierci króla car Paweł zaproponował mu służbę w wojsku rosyjskim; Komarzewski nie przyjął tej propozycji, został jednak tajnym radcą i dostał pensję od cara. Wkrótce wrócił do Warszawy, skąd – po krótkim pobycie – wyjechał ponownie, już na stałe, do Paryża. Zabrał swą bogatą bibliotekę oraz zbiory mineralogiczne i numizmatyczne.
Utrzymywał jednak kontakt z warszawskim środowiskiem naukowym, w 1800 roku został jednym z pierwszych członków Towarzystwa Warszawskiego Przyjaciół Nauk, na zlecenie którego napisał 8-tomowe dzieło o mineralogii.
Opublikował kilka prac, w tym prace poświęcone mineralogii, mapę hydrograficzną Polski oraz książkę apologetyczną na temat króla Stanisława Augusta Poniatowskiego.
Piśmiennictwo Jana Komarzewskiego
wydana również po francusku i niemiecku
Odznaczenia Order Orła Białego Order Świętego Stanisława (1778) Order św. Aleksandra Newskiego (1787)