Wszystkie wyżej wspomniane ustawy władz rosyjskich miały za cel przywrócenie wyznawców Kościoła greckokatolickiego (w mniemaniu duchownych prawosławnych „schizmatyków”) na łono Cerkwi prawosławnej.
W 1839 roku na mocy postanowień synodu połockiego wszystkie klasztory bazyliańskie w Cesarstwie Rosyjskim zostały bądź zlikwidowane, bądź przekształcone w monastery prawosławne. Postanowienia nie dotyczyły Królestwa Polskiego. W latach siedemdziesiątych XIX wieku zostały zamknięte klasztory również w Królestwie Polskim, ostatnim był monaster w Warszawie, skasowany w 1875 roku. thumb|200px|Cerkiew Świętego Onufrego (obecnie kościół rzymskokatolicki) w Wisłoku Wielkim
Bazylianie w zaborze austriackim Katolickie Cesarstwo Austriackie drugiej połowy XVIII wieku wprowadziło politykę józefinizmu, która polegała na wymaganiu od kleru zaangażowania się w sprawy społeczne, czyniąc z duchowieństwa urzędników państwowych. Została również przeprowadzona reorganizacja sieci klasztorów, które podporządkowano poszczególnym biskupom. Po śmierci cesarza Józefa II reformy zaniechano, ale wprowadzonych zmian nie cofnięto. Po III rozbiorze Polski, w roku 1802, rząd austriacki potwierdził wszystkie prawa i przywileje zakonu bazylianów. Przez cały wiek XIX w zaborze austriackim można zaobserwować zanikanie administracji bazyliańskiej.