Z uwagi na niepełnosprawność, pełnił tam funkcje sztabowe, jednakże okazjonalnie w dalszym ciągu latał, sporządziwszy sobie hak mocowany do lewej dłoni, którym mógł częściowo obsługiwać przyrządy sterownicze samolotu. Początkowo służył w Inspektoracie Polskich Sił Powietrznych. Od 7 kwietnia do 17 października 1941 był pierwszym polskim oficerem łącznikowym w sztabie dowództwa szkolenia lotniczego RAF (dowódcą polskiego lotnictwa szkolnego). W 1942 brał udział w lotach bojowych w 316 dywizjonie myśliwskim. Od 1 czerwca 1943, po śmierci Stefana Pawlikowskiego, został polskim oficerem łącznikowym w sztabie dowództwa lotnictwa myśliwskiego (RAF Fighter Command). Stanowisko to – faktycznie dowódcy polskiego lotnictwa myśliwskiego, pełnił do końca istnienia tej funkcji. Uzyskał w tym czasie awans do stopnia pułkownika.
W czasie II wojny światowej wykonał łącznie 28 lotów bojowych i 4 operacyjne, za co odznaczony został dwukrotnie Krzyżem Walecznych.