W Orsku biskup Jakub zdecydowanie występował przeciwko Żywej Cerkwi. Z tego powodu został w 1925 aresztowany i skazany na zsyłkę. Po jej odbyciu w 1928 został biskupem ostaszkowskim, wikariuszem eparchii twerskiej i kaszyńskej. Po roku został przeniesiony do eparchii saratowskiej i wolskiej jako jej wikariusz z tytułem biskupa bałaszowskiego. 12 lutego 1930 został aresztowany w Bałaszowie razem z grupą piętnastu duchownych, mniszek i świeckich wiernych, a następnie skazany na trzy lata łagru. Karę odbywał początkowo w obozie w dawnym Monasterze Sołowieckim, a następnie w Kiemie. W 1932 został zesłany na trzy lata na Ural; zgodnie z decyzją zastępcy locum tenens Patriarchatu Moskiewskiego metropolity Sergiusza udał się do Barnaułu i został biskupem barnaułskim i bijskim. W 1933 otrzymał godność arcybiskupią.
W 1936 NKWD w Kraju Ałtajskim rozpoczęło masowe aresztowania duchowieństwa prawosławnego. We wrześniu tego roku arcybiskup Jakub został zatrzymany, uwięziony w Bijsku i oskarżony o kierowanie organizacją kontrrewolucyjną.