Rozdziały Umineko no naku koro ni Fabułę stanowią pierwsze cztery części, zwane również epizodami. Rozdziały te są nazywane „rozdziałami pytań”. Episode 1: Legend of the Golden Witch Rozdział wprowadzający do świata serii. Jest opowiedziany z perspektywy głównego bohatera – Battlera. Rodziny z rodu Ushiromiya przybywają na wyspę Rokkenjima, aby przedyskutować podział spadku Kinziego Ushiromii – bliskiej śmierci głowy rodziny. Wkrótce po przybyciu gości wyspa zostaje odcięta od świata przez sztorm. Następnie zaczyna dochodzić do niewyjaśnionych morderstw. Gracz ma okazję poznać wszystkie osiemnaście postaci oraz legendę o Złotej Wiedźmie – Beatrice, która wraz z rozwojem fabuły zaczyna być podejrzewana o bycie dziewiętnastą osobą na wyspie. Epizod w grze kończy się ukazaniem treści listu Marii Ushiromii.
Episode 2: Turn of the Golden Witch Rozdział koncentruje się na pierwszej batalii między Beatrice a Battlerem, która odbywa się w niezależnym od Rokkenjimy „świecie meta”, czyli alternatywnej rzeczywistości stworzonej przez Beatrice. Dochodzi tu do tych samych wydarzeń, co w pierwszym epizodzie, lecz tym razem Beatrice jest dziewiętnastą osobą na wyspie. Wiedźma usiłuje dowieść istnienia magii, ujawniając przy tym tajemnice mieszkańców wyspy.