powiększono otwory okienne. Powyżej skrzyżowania naw wzniesiono potężną kwadratową wieżę z narożnymi oktagonalnymi wieżyczkami.
W 1378 roku pożar uszkodził dachy wież, natomiast wichura w 1434 spowodowała znaczniejsze uszkodzenia, w wyniku których runęła częściowo wieża i dachy, uszkadzając m.in. ołtarz główny. Dwa lata później w ramach odbudowy ufundowano upamiętniający to wydarzenie dzwon. Za rządów opatów Jakoba von Wachendorpa (1439–1454) i Adama Meyera (1454–1499) kościół otrzymał późnogotycki wystrój wnętrza. W 1509 roku powstał nowy ołtarz główny, z którego zachowało się do dziś kilka figur. Znaczną część średniowiecznego wyposażenia zastąpiono w XVII i XVIII w. barokowym. Inicjatorem barokizacji wystroju był m.in. opat Heinrich Obladen, który ufundował nowe organy. Opat Franz Spix przeprowadził szereg zmian w obrębie przestrzeni prezbiterialnej, wyburzając m.in. romańską kryptę. Pod koniec XVIII wieku ściany wnętrza pokryto malowidłami o formach klasycyzujących. W tym stylu powstał też stół ołtarzowy i ambona. W międzyczasie miała miejsce kolejna katastrofa, runęła północno-zachodnia wieżyczka uszkadzając dach. W październiku 1794 roku Kolonię zajęły wojska francuskie, które stacjonowały tu przez 20 lat. Podczas okupacji narzucono oświeceniowo-rewolucyjne idee mające na celu m.in. laicyzację miasta.