W 1801 roku Kolonia straciła status arcybiskupstwa, a katedra stała się kościołem parafialnym, zniszczono kilkadziesiąt kościołów, kaplic i klasztorów. Zamieszkujący klasztor przy Wielkim Świętym Marcinie 21. mnichów musiało opuścić swoje miejsce. 11. z nich pozostało kapłanami w innych parafiach. W 1802 roku zburzono przykościelny klasztor, uszkodzeniom uległ także kościół. Po klęsce Napoleona i przemianach społeczno-kulturalnych nastąpił okres kontrofensywy prądów katolickich które znacznie przywróciły historyczny charakter miasta, zaś od 1843 roku miała miejsce restauracja Wielkiego Świętego Marcina. W 1875 kościół pokryto nowym dachem. Wnętrze kościoła odrestaurowano pod kierunkiem Augusta Essenweina, ściany otrzymały nowe malowidła o tematyce biblijnej. W takim stanie kościół przetrwał do II wojny światowej, kiedy to kościół był dwukrotnie niszczony, w 1942 i 1945. Runęły sklepienia, wieża i część murów lateralnych. Szczęśliwie ocalały znaczne fragmenty najstarszej części wschodniej. Plany odbudowy kościoła poprzedziła dysputa, w której postulowano pozostawienie ruin jako pomnika będącego znakiem przestrogi i upamiętniającego ofiary wojny. Ostatecznie wygrała koncepcja odbudowy kościoła, którą rozpoczęto w 1948 roku od prezbiterium (ukończone w 1954) następnie korpusu nawowego (1977), wieży (1965).