W 1680 w miejscu zniszczonego przez uderzenie pioruna zwieńczenia wieży wzniesiono nowy, barokowy hełm.
W XVIII wieku zamurowano częściowo okna i empory. W 1802 roku po zajęciu Kolonii przez wojska francuskie klasztor został poddany sekularyzacji, a kościół stał się parafią. W dobie romantyzmu kościół został odrestaurowany, a podczas prac renowacyjnych odsłonięto zamurowane w okresie baroku elementy średniowiecznej architektury, w tym arkady empor, i usunięto barokowy ołtarz główny, eksponując pozostałości gotyckiego. Do dziś zachował się XIV-wieczny stół ołtarza.
Podczas II wojny światowej kościół uległ poważnym zniszczeniom. Złota Komnata ocalała wraz z najcenniejszymi relikwiarzami, które ewakuowano przed bombardowaniami. Podczas odbudowy przywrócono średniowieczny układ przestrzenny, wyburzając dobudowane do nawy poprzecznej zniszczone kaplice z XVII stulecia. W miejscu zniszczonych gotyckich sklepień transeptu i nawy głównej wzniesiono stropy. W 1974 roku w północnej części masywu zachodniego otwarto skarbiec. Część dawnego wystroju powróciła na dawne miejsce.