Architektura Kościół Świętej Urszuli jest trójprzęsłową, trójnawową bazyliką emporową. Od zachodu mieści się potężny masyw wieżowy z przedsionkiem, dawnym chórem zakonnym oraz dwoma aneksami po bokach. Od strony południowej kolejna nawa podzielona na dwie części, mieszcząca kaplicę NMP oraz Złotą Komnatę. Z pierwotnego transeptu zachowało się północne ramię i część południowego. Od wschodniej strony obu ramion transeptu znajdują się zrekonstruowane romańskie absydy.
Wschodnią część kościoła tworzy wydzielone trójprzęsłowe, zamknięte poligonalnie (5/8 boków) prezbiterium. Prezbiterium nakryte jest sklepieniem krzyżowo-żebrowym, wsparte na służkach przylegających do częściowo ukrytych w ścianach filarów wiązkowych. Wysmukłe służki i kolumienki są zwieńczone kapitelami z dekoracją roślinną. Kapitele zdobią także filary arkad obramujących okna. Prezbiterium charakteryzuje się diafanicznością, daleko posuniętą redukcją ścian na rzecz okien. Trójprzęsłowy korpus nawowy jest romański. Elewacje nawy głównej podzielone są na trzy strefy: arkad międzynawowych, arkad empor oraz okien. Arkady międzynawowe wsparte są na masywnych, kwadratowych filarach, natomiast na wysokości empor i okien występuje trójpodział. W strefie empor w ślepą arkadę wpisane są potrójne arkady wsparte na filarach z kapitelami kostkowymi.