W okresie okupacji niemieckiej zatrudniona w nadleśnictwie w Sanoku. W dniu 28 października 1940 w parafii Przemienienia Pańskiego w Sanoku wzięła ślub z Antonim Żubrydem. W tym okresie pracująca w tartaku Janina miała wspomagać Antoniego Żubryda w jego współpracy informatora NKWD, jako że miała dysponować wiedzą na temat transportu materiałów drewnianych do budowanych przez Niemców umocnień w obrębie rzeki San.
22 października 1941 urodził im się syn Janusz. Po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941 Antoni i Janina Żubrydowie zostali aresztowani przez Niemców 5 listopada 1941. 6 września 1943 Sąd Specjalny (Sondergericht) w Krakowie skazał Żubryda na karę śmierci za zdradę tajemnic państwowych (identyczną karę otrzymał Kazimierz Staruch, Janina Żubryd otrzymała karę dożywocia, a inne osoby mniejsze kary pozbawienia wolności). Po rozpoczęciu przez Żubryda działalności antykomunistycznej aresztowana przez UB. Po zwolnieniu z aresztu stale przebywała w Samodzielnym Batalionie Operacyjnym NSZ „Zuch” u boku swojego męża.