W roku 1925 z inicjatywy prof. Kazimierza Nitscha powołano na UJ interdyscyplinarne Studium Słowiańskie, w którego skład weszły także jednostki zajmujące się Słowiańszczyzną wschodnią: Katedra Języków Ruskich, którą objął prof. Iwan Ziłyński, Katedra Literatury Ruskiej (Ukraińskiej) z prof. Bohdanem Łepkim na czele oraz Katedra Literatury Rosyjskiej (od 1928), kierowana przez prof. Wacława Lednickiego.

Po II wojnie światowej W roku akad. 1948/1949 na UJ, jako na drugiej uczelni w Polsce (po Uniwersytecie Wrocławskim), zaczęto kształcić filologów-rusycystów. W tym celu reaktywowana została Katedra Historii Literatury Rosyjskiej, której kierownikiem został prof. Wiktor Jakubowski; zajęcia z językoznawstwa realizowała Katedra Języków Ruskich, kierowana przez prof. Jana Janowa. W roku akad. 1953/1954 z połączenia obu jednostek powstała Katedra Filologii Rosyjskiej. Kolejna zmiana organizacyjna nastąpiła w 1969, kiedy Katedrę przemianowano na Instytut Filologii Rosyjskiej, obejmujący trzy zakłady: Literatury Rosyjskiej i Radzieckiej, Języka Rosyjskiego oraz Metodyki Nauczania Języka Rosyjskiego. W takiej postaci Instytut istniał 20 lat, by w 1989 otrzymać obecną nazwę;