Heglowi poświęcił później jeszcze jedno krytyczne pismo Nichtigkeit der Hegelschen Dialektik (1828).
W 1805 roku został profesorem nadzwyczajnym i otrzymał powołanie na stanowisko profesora filozofii i matematyki elementarnej (a od 1812 roku także fizyki) na Uniwersytecie w Heidelbergu. W tym samym roku wziął ślub z Caroline Erdmann. Zawiązał przyjaźń z , a także z Friedrichem Heinrichem Jacobim. W tym czasie powstał Neue Kritik der Vernunft (1807) i powieść Julius und Evagoras (1814).
W 1816 roku Fries został powołany do Jeny. Rok 1819 był dla Friesa tragiczny: jego żona umarła, zaś były student Friesa – Karl Ludwig Sand – zasztyletował pisarza i rosyjskiego szpiega Augusta von Kotzebue. Na podstawie przeinaczonej treści listu Friesa władze zakazały mu nauczania. W 1824 roku ponownie otrzymał pozwolenie na wykładanie matematyki i fizyki, a od 1838 roku również filozofii. Resztę życia poświęcił studiom filozoficznym i fizykalnym. Napisał Psychische Anthropologie (1820–1821), Mathematische Naturphilosophie (1822) oraz Geschichte der Philosophie (1837–1840).