W pierwszy dzień Nowego Roku 1843 doznał ataku serca, niedługo potem 10 sierpnia po raz drugi, tym razem zakończonego śmiercią.
Poglądy filozoficzne thumb|Popiersie Jakoba Friedricha Friesa w Jenie Chociaż Fries uwolnił się od jednostronności pietyzmu, to w jego filozoficznych poglądach można znaleźć elementy religijne. Jego pierwsze prace takie jak: Reinhold, Fichte und Schelling (1803, przedruk w 1824 roku jako Polemische Schriften), rozprawa System der Philosophie als evidente Wissenschaft (1804) oraz traktat Wissen, Glaube und Ahnung (1805, 2. wyd. 1905), zawierały krytykę stanu ówczesnej filozofii.
Jego najważniejszą pracą była rozprawa: Neue oder anthropologische Kritik der Vernunft z 1807 (2. wyd. 1828/31). Przedstawił w niej nowe podstawy krytycznej teorii Kanta w oparciu o autorefleksję i o „zaufanie rozumu do samego siebie” (Selbstvertrauen der Vernunft). Naraziła ona Friesa na jego zdaniem niesłuszny zarzut psychologizmu. W 1811 roku ukazała się jego praca pod tytułem System der Logik, a w 1814 roku Julius und Evagoras, ein philosophischer Roman. Po powołaniu na katedrę filozofii teoretycznej w Jenie Fries podjął intelektualną walkę przeciwko panującemu romantyzmowi.