Od 1996 był członkiem Komitetu Słowianoznawstwa PAN w Warszawie. Należał do Komisji Słowianoznawstwa oddziału PAN w Krakowie, której przewodniczył w latach 1996–2003, oraz do Komisji Wschodnioeuropejskiej na Wydziale II Historyczno-Filozoficznym PAU (1998–2008 – wiceprzewodniczący, 2008–2014 – przewodniczący).
Wypromował 2 doktorów i ponad 600 magistrów filologii rosyjskiej w WSP (UP) i UJ.
Główne obszary jego badań historycznoliterackich to proza rosyjska I połowy XIX wieku, twórczość Fiodora Dostojewskiego, modernizm w Rosji, szczególnie „starsi” symboliści (dekadentyzm), Anton Czechow, Maksym Gorki, literatura łagrowa (Aleksandr Sołżenicyn, Warłam Szałamow), proza II połowy XX wieku (m.in. Andriej Bitow, Jurij Trifonow, proza „wiejska”, postmodernizm) – opisywane w szerokim kontekście światopoglądowo-kulturowo-historycznym.
Równoległym tematem publikacji naukowych Józefa Smagi była ideologia i historia ZSRR; syntetyczne opracowanie dziejów porewolucyjnej Rosji wydał w drugim obiegu w 1984 pod pseudonimem Szczęsny Trzymalski; było ono rozbudowywane aż do monografii obejmującej cały okres istnienia ZSRR – pierwszej w polskiej historiografii (Narodziny i upadek imperium, 1992;