W czasie II wojny światowej w wyniku paktu Ribbentrop-Mołotow i agresji ZSRR na Polskę w 1939 roku w Czernawczycach ustanowiono władzę radziecką (okres „pierwszych sowietów” od 1939 do 1941). Jednak po ataku Niemiec na ZSRR znalazły się pod okupacją hitlerowską. Ofiarą terroru okupanta padła miejscowa ludność, szczególnie Żydzi, stanowiący przed wojną większość mieszkańców. Egzekucje miały miejsce już po wkroczeniu wojsk niemieckichTablica upamiętniająca rozstrzelanie cywilnych mieszkańców wsi Czernawczyce 23 czerwca 1941 r. Lista ofiar: Abram Winikowski, Motel Winikowski, Michael Wiszengrad, Berk Jerazamski, Kisiel Zelcer, Chuna Zelcer, Abram Zelcer, Szmul Zelcer, Borys Korżaniewicz, Aleksiej Plinda, Uszer Tarnopolski. Por. także Shmul, Kisel, Abram i Khuna Zeltzer w The Central Database of Shoah Victims' Names (Jad Waszem) na podstawie listy ofiar terroru hitlerowskiego sielsowietu czernawczyckiego. Prawdopodobnie w Czernawczycach utworzono getto przejściowe, a następnie ludność żydowską przesiedlono do getta w Brześciu, gdzie została ona wymordowana. Zniszczono wówczas także synagogę.
Po II wojnie światowej miejscowość znalazła się w granicach ZSRR. W 1949 roku utworzono tu kołchoz „Iskra”.