Elementy cis występujące w regionie 3'UTR Sekwencje inercyjne Sec lub elementy SECIS o charakterze stem-loop, umożliwiające włączenie selenocysteiny (zmianę pierwszorzędowej struktury białka) Sekwencje AURE bogate w adeninę i uracyl (wywierające wpływ na stabilność mRNA oraz na częstość inicjacji translacji) Sekwencje będące sygnałem do poliadenylacji: AAUAAA (zabezpieczające RNA przed szybką degradacją, zwiększające wydajność translacji) Sygnały lokalizacji komórkowej (sekwencje wpływające na lokalizację mRNA w komórce) Sekwencje wiążące cząsteczki regulatorowe miRNA (hamujące inicjację i wydajność translacji)
2. Czynniki trans Cząsteczki autonomiczne (białka, oligonukleotydy, metabolity), niezależne od sekwencji mRNA, wiązane często przez elementy cis,
1.A. Białkowe czynniki trans białkowe czynniki inicjacji translacji (np. eukariotyczne: eIF4A, eIF4B eIF4E, eIF4F, eIF4G) białkowe czynniki elongacji translacji białkowe czynniki terminacji translacji białka wpływające na stabilność mRNA
1.B. Oligonukleotydowe czynniki trans naturalne, komórkowe cząsteczki miRNA naturalne, komórkowe cząsteczki snRNA naturalne, komórkowe cząsteczki piRNA syntetyczne cząsteczki siRNA, syntetyczne cząsteczki ASO (antysensów)
1.C. Niskocząsteczkowe (metabolitowe) czynniki trans Glukoza