Z inicjatywy kasztelana bieckiego Stanisława Szafrańca przydano jej też wkrótce na małżonka księcia Siedmiogrodu Stefana Batorego. 14 grudnia Batory został ogłoszony królem Polski. Podwójna elekcja zagroziła jednak widmem wojny domowej. 18 stycznia 1576 zwołano pospolite ruszenie do Jędrzejowa. 20 tysięcy wiernych stronników Batorego zajęło Kraków, terroryzując sprzyjające Habsburgom miasto i Akademię. 16 lutego 1576 książę siedmiogrodzki zaprzysiągł w Meggeszu pacta conventa, m.in. przyrzekł odebrać ziemie zagrabione przez Rosję. 30 marca 1576 r. przekroczył granicę Rzeczypospolitej w pobliżu Śniatynia, uroczyście witany przez przedstawicieli swoich zwolenników, zebranych na zwołanym 18 stycznia 1576 r. zjeździe w Jędrzejowie.
Unia Rzeczypospolitej z Siedmiogrodem Kiedy Stefan Batory został wybrany królem musiał zgodzić się na płacenie wyższego haraczu Turkom (łącznie 25 tys. florenów) w zamian za co uzyskał ich zgodę na personalną unię polsko-siedmiogrodzką. Regentem (wojewodą) mianował swego brata Krzysztofa. Po jego śmierci władzę przejęła Rada Regencyjna, a w 1585 r. regentem (zastępującym Zygmunta, niepełnoletniego syna Krzysztofa) został Jan Ghycza. Mimo to król Stefan zorganizował w Krakowie oddzielną kancelarię siedmiogrodzką, wszelkie ważne decyzje pozostawiając sobie.