W wojnach z Moskwą wykorzystał też żołnierzy siedmiogrodzkich, rekrutowanych głównie spośród Rumunów i Szeklerów. Ocenia się, że jego panowanie dało Siedmiogrodowi uspokojenie i szansę na rozwój, kładąc podstawy pod przyszłe sukcesy tego państwa.
Anna Jagiellonka Stefan poświęcił 52-letniej Annie trzy noce poślubne (Jan Tarnowski napisał w liście do magnata z Litwy ...Anna chłopa dopadła i gębę wysoko nosi...). Później nie zaglądał do jej sypialni, ale pozwolił jej przychodzić, kiedy tylko zechce. Pewnej nocy Anna zapragnęła odwiedzić Batorego, ale ten uciekł. Wiele osób było świadkiem tego wydarzenia, królowa dostała gorączki i poddano ją zabiegowi upuszczania krwiWojciech Kalwat, Nieszczęśliwa żona trzech nocy, „Władcy Polski” nr 20a – Anna Jagiellonka, dodatek do „Rzeczpospolitej”, s. 12..
Szydercze wypowiedzi na temat Anny zaczęły się pojawiać zaraz po ślubie. Z czasem Batory miał dość żony, jej zachowania i podejmowanych przez nią prób wpływania na politykę. Wolał przebywać na wojnach, ponieważ wojna i polityka interesowały go bez reszty.